治理
国际大学协会是一个会员制组织。该协会由其成员管理，这些成员经选举产生，在协会的各个决策机构中代表全体会员行使职权。拥有决策权的两大类成员包括：机构 会员（大学及其他高等教育机构）和组织 会员（大学协会）。
行政委员会
行政理事会全体成员任期四年。除主席外，理事会由20名成员组成（18名成员机构负责人及2名成员组织负责人），另设两名当然成员（前任主席及秘书长）。各区域及各类别成员均可选举副成员。 地域与性别均衡代表性是指导原则。行政委员会每年召开会议，确保大会决议得到落实，并指导国际天文学联合会秘书处的工作。部分工作通过专门委员会和工作组开展。
执行委员会
执行委员会由主席及四位副主席（分别代表世界不同区域）组成，每年召开两次会议。 副主席由主席从行政委员会成员中指定，其提名须经行政委员会批准。国际天文学联合会秘书长担任执行委员会秘书。该委员会在行政委员会会议间隙代行其职权，负责指导协会行动议程，并通过筹备行政委员会会议为协会主席提供支持。
全体会议
大会是协会的最高决策机构，由国际天文学联合会所有机构和组织成员组成，每四年召开一次会议。
大会决定协会的主要战略目标，批准其四年期战略规划，并通过政策声明。大会选举主席及行政委员会成员。在大会间隙，协会可发表立场声明并积极发声，因此定期召开战略会议至关重要。